Pondok Modern Daarul Hikmah memiliki dua organisasi resmi, yakni Organisasi Santri Daarul Hikmah (OSDA) dan Koordinator Gerakan Pramuka Gugusdepan Pondok Modern Daarul Hikmah. Kedua organisasi tersebut bertanggung jawab langsung kepada pimpinan pondok dengan arahan Bagian Pengasuhan Santri. Kedua organisasi ini merupakan kepanjangan tangan pimpinan pondok dan dibentuk dalam rangka membantu tugas-tugas